Phương pháp bào chế và sử dụng thuốc ngoại khoa nhiều chủng loại có thuốc đắp, thuốc cao, thuốc vê, thuốc thổi của khoa họng, và cách xông, rửa, ngâm, là (chườm). Tạc dụng của nó ở chỗ sát trùng giải độc, tiêu thịt thối loét, lên da non, cầm máu.
Loại thuốc này tuy cũng có lúc chỉ sử dụng một vị, nhưng phần lớn đều phải qua phối hợp chế biến, mới ứng dụng được. Thuốc có độc tính, khi dùng càng phảỉ thận trọng.
Phần này phần nhiều là những vi thụốc có độc tính rất mạnh đều có hiệu quả điều trị về ghẻ lở hắc lào, ung nhọt, hủi cùi song đặc điểm của các vị thuốc lại cố chỗ khác nhau. Như Phê thạch, Ban miêu rất độc, sức ăn mòn rất mạnh. Các chứng ở ngoài thuộc thực, có thể dùng Thủy ngân, Lộ Phong phòng (tổ ong). Táo thấp có thể dùng Xà sàng tử, Minh phàn, Lục phàn, Lô cam thạch. Bằng sa, Lô cam thạch, Nạo sa là thuộc thường dùng của khoa mắt, có thể chữa được chứng đau mắt màng, mộng thịt. Các vị Ban miêu, Nạo sa, Bằng sa, Lục phàn đều có công tiêu phá tích tụ.
Tác dụng sát trùng của những vị thuốc dùng ngoài của Đông y đều nổi về bệnh ngoài da, vì tính thuốc rất mạnh, nên kiêng dùng về kí sinh trùng (giun sán) ở tràng vị. Độc tính khá mạnh như Ban miêu, Phê thạch, Thủy ngân, một khi trúng độc thì cố thể nguy hiểm chết người, đàn bà có mang lại càng bị cái hại nát thai sẩy thai, Vì vậy khi sử dụng phải đặc biệt thận trọng.
Còn những vị thuốc khác như Băng phiến, Hùng hoàng, Thiềm tô, Khinh phấn, cũng là thuốc thường dùng của ngoại khoa, nhưng vì đã nói ở phần khác rồi, nên phần này lược bỏ.
